Автор более 30 научных работ, среди которых:
Шушунова, Е.В. О некоторых новых результатах в исследовании культа Гелиоса на Боспоре в контексте почитания предков (по материалам городища «Белинское» в Восточном Крыму) / Е.В. Шушунова // Научные ведомости Белгородского государственного университета: № 22 (271). Выпуск 44, История. Политология. Белгород: изд-во БелГу, 2017. - С. 25-32.
Шушунова, Е.В. Жертвоприношение собак в контексте почитания предков на Боспоре (на примере материала городища «Белинское» в Восточном Крыму) / Е.В. Шушунова, С.В. Ярцев // Современная наука: актуальные проблемы теории и практики. Гуманитарные науки. - 2018. - №9. - С. 41-44.
Шушунова, Е.В. Некоторые особенности хтонической сущности богини Кибелы в причерноморском регионе в античное время / Е.В. Шушунова, С.В. Ярцев // Современная наука: Актуальные проблемы теории и практики. Серия: Гуманитарные науки. 2020. №12. - С.34-39.
Шушунова, Е.В. Особенности культа предков в Северном Причерноморье позднеантичного времени (по материалам городища "Белинское") / Е.В. Шушунова, В.Г. Зубарев, Ярцев С.В. // Материалы по археологии и истории античного и Материалы по археологии и истории античного и средневекового Причерноморья. Археология, история, нумизматика, сфрагистика и эпиграфика. 2021. № 13. - С. 578-602.
Шушунова, Е.В. К вопросу об усилении хтонического начала в возрожденном культе Афродиты в Северном Причерноморье в первые века нашей эры / Е.В. Шушунова, С.В. Ярцев // Человек и культура. 2022. № 5. С. 35–47.
Шушунова, Е.В. Некоторые особенности героизации умерших в античных государствах Северного Причерноморья (по материалам эпитафий) / Е.В. Шушунова, С.В. Ярцев // Современная наука: Актуальные проблемы теории и практики. Серия: Гуманитарные науки. 2022. № 5. - С. 47-52.
Шушунова, Е.В. Этнокультурные и социальные аспекты культа всадника на Боспоре / Е.В. Шушунова, С.В. Ярцев // Боспорские исследования. 2023. Вып. XLVI. С. 139-151.