Время науки - The Times of Science

Соколов А.А, Лебедев П.В., Sokolov A.A., Lebedev P.V., Донская Е.С. Donskaya E.S. 2025 61 c17a1 molecule. The results are necessary for further molecular modelling and development of new cytochrome P450 inhibitors. Keywords: molecular docking; iron charge; Cyt P450. Ключевой проблемой «insilico» разработки новых модификаторов (SEM) активности цитохромов является донорно-акцепторная природа связи лиганда с железом и сложность проведения квантово-химических вычислений для данного типа взаимодействий. Для учета такого рода взаимодействия имитируют ионный характер связи, для чего требуется установить эффективный заряд на атоме железа. Анализируя структуру порфиринового фрагмента [3] в молекуле цитохрома P450С17 (код PDB – 4NKV) и эффективные заряды на атомах азота и серы (рис. 1) следует предположить, что эффективный заряд железа находится в диапазоне от 1,000 до 2,000. Для уточнения был проведен эксперимент – моделирование процесса связывания известных ингибиторов с активным центром цитохрома [4]. Рис. 1. Структура активного центра цитохрома с лигандом Методы и материалы: 1. Программное обеспечение: 1.1. PyRx – Pethon Prescription 0.8 Настройки AutoGrid: - GrideCenterX: -27.505 Y: -8.5648 Z: -41.7986 - Number of Points X: 59 Y: 50 Z: 50 - Spacing (Angstrom): 0.3750 НастройкиAuto Dock: - Number of GA runs: 100 - Number of individuals in population: 1500