Время науки - The Times of Science

Лебедев П.В., Донская Е.С., Lebedev P.V., Donskaya E.S., Соколов А.А Sokolov A.A. 2025 41 Цитохром Р450с17 (CYP17) является одним из представителей класса ферментов, который участвует в процессе стероидогенеза человека, а именно – участвует в биосинтезе 17α-гидроксистероидов и половых гормонов (Рис. 1). Последние играют ключевую роль в развитии андроген-зависимого рака простаты [2]. Рис. 1. Фрагмент стероидогенеза, в котором участвует CYP17 Молекулярный докинг используется для предсказания взаимодействий между двумя молекулами, где одна является рецептором (мишенью), а вторая – лигандом (малая молекула). Основная цель докинга – вычисление геометрии связывания лиганда с активным участком рецептора, определение параметров межмолекулярного взаимодействия и оценка эффективности и стабильности образовавшегося комплекса [1]. Используемые для докинга 3D-структуры молекул мишеней требуют предварительной подготовки. В первую очередь необходимо идентифицировать аминокислоты, отвечающие за связывание лиганда в активном центре и характер взаимодействия между аминокислотами и лигандом (гидрофильные и гидрфобные взаимодействия, водородные, донорно-ацепторные, ионные и т.д.). Следующим этапом является очистка 3D-структуры фермента от лиганда и иных молекул, включающих воду, глицерин и др. Важным фактором является установление положения кислорода и воды в активном центре в координации с атомом железа. Материалы и методы. Межатомные расстояния, идентификация и конформация аминокислот, отвечающих за связывание лиганда с рецептором, устанавливали в программном продукте PyMOLv. 0.99. Водородные связи определяли по следующим критериям: расстояние между донором и акцептором