Время науки - The Times of Science

Соколов А.А, Лебедев П.В., Sokolov A.A., Lebedev P.V., Донская Е.С. Donskaya E.S. 2025 63 5 65899-73-2 505 Обсуждение результатов: Проводилось моделирование процесса связывания лигандов с макромолекулой 4NKV с целью получения энергий связывания. Анализировалась корреляция между константой ингибирования (Ki практической ) и энергией связывания (E теоретической ) [2]. Моделирование проводилось при одинаковых настройках программы. На каждом этапе подбора заряда на атоме железа в файле макромолекулы заряд менялся с шагом 0,05 для получения предварительных данных и с шагом 0,01 для более точного определения заряда. За итоговый показатель бралось значение линейной аппроксимации R 2 , стремящееся к 1,0 – наибольшей линейности [1]. В ходе эксперимента были получены данные, представленные в таблице 2. Заряды железа Macromolecule 4NVKиспользуемые при расчетах. Аппроксимация полученная при разных зарядах железа. Таблица 2 Результаты эксперимента № Заряд Fe Аппроксимация (R 2 ) 1 1,750 0,4408 2 1,500 0,6586 3 1,650 0,3629 4 1,550 0,6801 5 1,400 0,8887 6 1,450 0,8008 7 1,390 0,6729 8 1,410 0,5403 9 1,420 0,5993 10 1,470 0,3521 11 1,460 0,9665 Как можно увидеть из таблицы, значения меняются хаотично вместе с зарядом Fe, что затрудняет нахождение аппроксимации, стремящейся к единице. Это указывает на сильный вклад в энергию связывания не только заряда железа макромолекулы, но и других параметров лиганда. Тем не менее, величина